نهادهای نظارتی بین‌الملل که به مسائل حقوق بشر ایران می‌پردازند بارها و بارها نگرانی خود را درباره وضعیت حقوق بشر در این کشور ابراز کرده‌اند. علاوه بر این، برخی از چالش‌های مطرح شده در سراسر این درس تضمین و حفاظت از حقوق بعضی گروه‌ها و انجمن‌های خاص را بسیار دشوار می‌سازد، زیرا قانون اساسی گروه‌های مذکور را به رسمیت نشناخته یا در مورد وضعت آن‌ها سکوت اختیار می‌کند. این امر ممکن است سبب پیگرد قانونی گروه‌های مذکور به‌دلیل گرایشات و عقاید خود شده و آن‌ها را در‌این خصوص بی‌پناه سازد. بهائیان، افرادی که از اسلام به ادیان دیگر روی آورده‌اند و افراد با گرایشات نامتعارف جنسی جزء این گروه‌ها به‌شمار می‌آیند.
گزارش اکتبر ۲۰۱۳ گزارشگر ویژه سازمان ملل متحد احمد شهید حاوی نگرانی‌هایی در‌خصوص نقض تعهدات بین‌المللی توسط ایران بود. از میان موارد مورد تأکید در این گزارش می توان به موارد زیر اشاره کرد:
- در‌غیاب استانداردهای مرسوم دادگاه‌های منصفانه، آمار اعدام‌ها به‌شکل نگران‌کننده‌ای در حال افزایش است. علاوه بر این، کاربرد اشد مجازات (اعدام) برای جرایمی که با استانداردهای "شدیدترین جرائم" انطباق ندارند –از جمله مصرف الکل، زنا و قاچاق مواد مخدر- در حال افزایش است.
- تفکیک بر‌اساس جنسیت در مشارکت اقتصادی و فعالیت سیاسی کماکان یک معضل است.
- اقلیت‌های مذهبی کماکان وضعیت دشواری داشته و حقوق آن‌ها به طور کامل نادیده گرفته می شود.
ایران در پاسخ به این اتهامات بیان کرده است که به طرق مختلف به تعهدات بین‌المللی خود و حقوق بشر پایبند است:
-
تصویب و اصلاح قوانین
ملحق شدن به پیمان‌نامه حقوق کودک، اصلاح جزئی قانون جزا، قانون خانواده، حق زنان برای داشتن سهم الارث [یکسان]، بهبود وضعیت حق زنان برای طلاق و حضانت فرزندان، و همچنین تصویب ماده واحده مربوط به حقوق مدنی و سیاسی.
-
فراهم‌آوردن فرصت تحصیل در رشته حقوق بشر
ارائه دوره کارشناسی ارشد در رشته حقوق بشر در چند دانشگاه، اضافه کردن دروس حقوق بشر به برنامه درسی حقوق بین‌الملل در سطح کارشناسی ارشد و دکتری، اعطای کرسی جدید حقوق بشر، صلح و دموکراسی در دانشگاه شهد بهشتی، تأسیس شورای حقوق بشر در قوه قضائیه.
- پایبندی به تعهدات بین المللی
تهیه و ارائه گزارشات دوره‌ای به کمیته‌های مرتبط با معاهدات حقوق بشر، پاسخ‌دادن به سؤالات و توجه کردن به توصیه های ارائه شده در جریان بررسی گزارشات حقوق بشر ایران.